1.基本设置

本会最高权力机构是全员代表大会，每五年举行一次，理事会是会员代表大会闭幕期间的执行机构；本会设立常务理事会，常务理事由理事会选举产生；常务理事会由理事长、副理事长、秘书长及常务理事若干组成，理事长为本会法定代表人。

学会无挂靠单位。学会办事机构为秘书处，学会秘书处挂靠单位为国网甘肃省电力公司电力科学研究院，具体工作由电科院电源技术中心承担。

2.其它设置

甘肃省水力发电工程学会及秘书处其它下设组织机构设置包括：

（1）6个专业委员会

水电站建筑与施工管理专业委员会（挂靠甘肃省水利水电勘测设计研究院）

地质及勘探专业委员会（挂靠甘肃省水利水电勘测设计研究院）

动能经济及水库调度专业委员会（挂靠国网甘肃电力公司）

水电站运行管理专业委员会（挂靠国网刘家峡水电厂）

水力机械及金属结构专业委员会（挂靠国网甘肃电科院）

风力发电专业委员会（挂靠兰州理工大学）

（2）机构设置

设有综合办公室、财务部、经营外联部、学术部、工程技术部、项目1部6个部门和《西部可再生能源与微电网》编辑组。