2013年10月31日，水利部召开视频会议，安排部署国家防汛抗旱指挥系统二期工程项目建设管理工作。水利部副部长、国家防汛抗旱指挥系统二期工程建设项目领导小组组长刘宁出席会议并讲话，水利部总工程师汪洪宣读国家防汛抗旱指挥系统二期工程初步设计报告批复文件。
　　
　　刘宁指出，国家防汛抗旱指挥系统一期工程的建设显著提高了我国防汛抗旱决策指挥的支持能力，在近年的防汛抗旱减灾中发挥了重要作用。但也暴露出系统覆盖范围不够、建设内容不全、网络承载能力不足、安全性不够、不能快速形成现场应急指挥环境等方面的不足，需要抓紧实施二期工程建设。

　　刘宁对二期工程建设与管理工作提出六个方面的要求。一是加强组织领导，切实落实项目建设领导责任制。各流域机构和各省级水利厅局要明确指挥系统工程项目建设领导小组和项目办公室，充实项目办工作人员，做到人员落实、任务落实、责任落实。水利部相关司局和单位要大力支持，积极推进二期工程项目建设。二是规范建设管理，严格执行国家基本建设管理程序。要严格实行项目法人负责制、招投标制、项目监理制和合同管理制，重视工程质量管理，严把工程验收关，按照相关规定加强项目建设管理，组织做好项目验收工作。三是落实配套资金，强化建设资金管理。各地要按照工程建设进度计划，落实配套资金，加强中央补助资金和地方建设资金的管理。审计部门要加强项目审计和监督，确保工程安全、资金安全和干部安全。四是明确法人责任，切实履行委托法人职责。部项目办将与各地签订委托书，各地要尽快明确委托法人，代部项目办履行法人职责，完成好所辖区域的建设任务。五是做好系统整合，建成功能齐全、科学高效的系统工程。要处理好新建与已建系统的关系，对已建系统进行必要的改造和整合，确保建设形成的各类信息资源和运行环境实现全面共享。各级防汛抗旱部门和水文部门要根据实际业务需要认真组织提出任务需求。六是狠抓建设进度，保质保量完成二期工程建设任务。各地要根据已经批复的初步设计报告总体工期要求，抓紧修改完善初步设计报告，研究制定整体工作方案，确保二期工程保质保量、按期完成建设任务。各流域、各省级项目领导小组要切实负起领导责任，协调解决好工程建设中出现的难点和问题，全面推进工程建设。

　　水利部国家防汛抗旱指挥系统建设项目领导小组成员单位负责同志在主会场参加会议，各流域机构和各省（自治区、直辖市）水利（水务）厅（局）以及新疆生产建设兵团水利局分管领导，项目办和设计单位有关人员在分会场参加会议。